提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
关于这些热点,中央经济工作会议定调!******
中央经济工作会议12月15日至16日在北京举行。会议总结了2022年经济工作,分析了当前经济形势,部署了2023年经济工作。其中,对就业、房地产、平台企业等多个社会关注的热点,会议均明确了未来政策方向。
关于宏观经济
当前我国经济恢复的基础尚不牢固,需求收缩、供给冲击、预期转弱三重压力仍然较大,外部环境动荡不安,给我国经济带来的影响加深。但要看到,我国经济韧性强、潜力大、活力足,各项政策效果持续显现,明年经济运行有望总体回升。要坚定做好经济工作的信心。
关于发展
坚持发展是党执政兴国的第一要务,发展必须是高质量发展,完整、准确、全面贯彻新发展理念。
关于财政支出
保持必要的财政支出强度,优化组合赤字、专项债、贴息等工具,在有效支持高质量发展中保障财政可持续和地方政府债务风险可控。
关于就业
落实落细就业优先政策,把促进青年特别是高校毕业生就业工作摆在更加突出的位置。
关于新就业形态
加强新就业形态劳动者权益保障,稳妥推进养老保险全国统筹。
关于生育支持、延迟退休
完善生育支持政策体系,适时实施渐进式延迟法定退休年龄政策,积极应对人口老龄化少子化。
关于疫情防控
要更好统筹疫情防控和经济社会发展,因时因势优化疫情防控措施,认真落实新阶段疫情防控各项举措,保障好群众的就医用药,重点抓好老年人和患基础性疾病群体的防控,着力保健康、防重症。
关于扩大消费
要把恢复和扩大消费摆在优先位置。增强消费能力,改善消费条件,创新消费场景。多渠道增加城乡居民收入,支持住房改善、新能源汽车、养老服务等消费。
关于平台经济
要大力发展数字经济,提升常态化监管水平,支持平台企业在引领发展、创造就业、国际竞争中大显身手。
关于“两个毫不动摇”
针对社会上对我们是否坚持“两个毫不动摇”的不正确议论,必须亮明态度,毫不含糊。要深化国资国企改革,提高国企核心竞争力。坚持分类改革方向,处理好国企经济责任和社会责任关系。完善中国特色国有企业现代公司治理,真正按市场化机制运营。要从制度和法律上把对国企民企平等对待的要求落下来,从政策和舆论上鼓励支持民营经济和民营企业发展壮大。依法保护民营企业产权和企业家权益。各级领导干部要为民营企业解难题、办实事,构建亲清政商关系。
关于吸引外资
要推进高水平对外开放,提升贸易投资合作质量和水平。要扩大市场准入,加大现代服务业领域开放力度。要落实好外资企业国民待遇,保障外资企业依法平等参与政府采购、招投标、标准制定,加大知识产权和外商投资合法权益的保护力度。要积极推动加入全面与进步跨太平洋伙伴关系协定和数字经济伙伴关系协定等高标准经贸协议,主动对照相关规则、规制、管理、标准,深化国内相关领域改革。要为外商来华从事贸易投资洽谈提供最大程度的便利,推动外资标志性项目落地建设。
关于房地产
要确保房地产市场平稳发展,扎实做好保交楼、保民生、保稳定各项工作,满足行业合理融资需求,推动行业重组并购,有效防范化解优质头部房企风险,改善资产负债状况,同时要坚决依法打击违法犯罪行为。要因城施策,支持刚性和改善性住房需求,解决好新市民、青年人等住房问题,探索长租房市场建设。要坚持房子是用来住的、不是用来炒的定位,推动房地产业向新发展模式平稳过渡。(陈键 整理)